Die Phytotherapie lässt sich grob in zwei Bereiche aufteilen, erstens die rationale Phytotherapie auf der Basis wissenschaftlicher Erkenntnis und Wirkungsnachweis der Pflanzen bzw. ihrer Inhaltsstoffe und zweitens die traditionelle Phytotherapie als Erfahrungsmedizin.

In der rationalen Phytotherapie werden möglichst einzelne Pflanzen verwendet, häufig in Form von Phytopharmaka. Diese sind definiert als Arzneimittel, die ausschließlich aus Pflanzen, Pflanzenteilen oder ihren galenischen Zubereitungen bestehen. Sie sind im Allgemeinen auf die Hauptwirksubstanz der Pflanze standardisiert, die immer in gleichen Mengenanteilen enthalten ist.

Wenn mehrere Wirkkomponenten bekannt sind, werden sie auf eine Marker- oder Leitsubstanz eingestellt.

Unter diesen Voraussetzungen ist eine zuverlässige traditionelle Therapie mit reproduzierbaren Resultaten möglich, die der Behandlung mit synthetischen Medikamenten entspricht – bei entsprechender Indikation auch bei schwereren Erkrankungen.